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解析《自然》150 周年纪念刊封面网络可视化

网络 2020-02-21

服老思和同学们 P话

大家还记得上图的可视化作品吗?在 pwords 2019 年 12 月 5 日的数据周报美国高中生的发型“进化”史 中我们曾提到过这个来自《自然》杂志 150 周年纪念刊的作品。之后,有读者对作品背后的制作原理提出疑问,于是,这次的数据周报,我们从制作团队背景、网页代码分析、数据源和背后的图嵌入算法 对作品进行了更深入的解读,下面你将看到一个全方位的技术分析,为了弄懂作品背后 图嵌入算法 的具体实现原理,我们还特地向制作团队发送邮件进一步了解。你想知道它背后的故事吗?来看看吧!

信息

网状图主页

图中每一个点代表一篇曾刊发于自然杂志的论文,其中不同颜色代表不同的学术领域。点击其中的一点,即可查看这篇论文相关信息,以及与其有共引用关系(co-citation)的其他论文。

官方网站:http://go.nature.com/n150int

Nature 的数据故事:https://www.nature.com/articles/d41586-019-03308-7

相关信息:https://www.nature.com/magazine-assets/d41586-019-03308-7/17347036

Youtube 链接:https://www.youtube.com/watch?v=GW4s58u8PZo

制作团队

作品由多位研究者合作完成,其中,图中的网状可视化主要由来自 IBM Research 的 Mauro Martino 主导完成。Mauro 是一位意大利的设计师,他致力于研究人工智能在设计领域的应用。同时,他还是 IBM Research “Visual Artificial Intelligence Lab” 的创始人和领导者。在此之前,他是剑桥麻省理工学院(SEN)SENS Eable City Lab的研究分支机构的研究员,致力于该实验室多个项目及其相关研究项目 Urban Interaction Design 中的数据可视化。

Mauro Martino

技术总结

数据来源:《自然》杂志创刊 150 年,所有刊发的文章。结构化的数据来自 Clarivate Analytics’ Web of Science (WoS),为美国路透社公司建立的引用文献索引资料库系统。设计团队根据 WoS 上 1900 - 2017 年论文的引用信息,挑选出了接近 7 亿条引用关系。

数据是公开资料,可以下载从网页背后进行下载,共有cociteNodes.csv和cociteEdges.csv两个原始数据文件。cociteNodes.csv:节点数据表。每一篇论文存为一个节点。cociteEdges.csv:边数据表。如果两份论文同时出现在一篇论文的参考书目中,即它们被共同引用,那么两篇论文间就会出现一条连线。

节点的大小和其在网络中的度数(degree)成正比。

网页可视化是用 THREE.js 做的,THREE.js 是一个基于 WebGL 的 Java 开源框架,简言之,就是能够实现 3D 效果的 JS 库。利用 THREE.js 可以制作出很多酷炫的3D动画,并且 THREE.js 还可以通过鼠标、键盘、拖拽等事件形成交互,在页面上增加一些3D动画和3D交互可以产生更好的用户体验。THREE.js 本质上是一项利用 Java API 渲染交互式 3D 电脑图形和 2D 图形的技术,其基本三要素是 场景 , 相机 和 渲染器。

THREE.js 的主要代码储存在网页的 impact-vr.js 文件中。感兴趣的同学可以点开下方链接查看具体的实现方式。

其中,这个网状可视化作品的挑战在于怎样实现网络嵌入(Network Embedding),即给每个网络节点分配一个笛卡尔座标系中的座标。这类嵌入的计算是离线完成的。cociteNodes.csv文件中已经包含了每一个节点的嵌入坐标。cociteEdges.csv进一步将不同点间的路径(连接两个节点的弧的参数)进行编码转换。(PS:在这张 3D 图上的“弧”实际上是由若干小的直线段组合而成的)

impact-vr.js:https://www.nature.com/immersive/d41586-019-03165-4/js/impact-vr.js?v=2

THREE.js

首先我们可以了解一点 THREE.js 的基本概念,作品的核心代码在 Impact-vr.js中。这是一个可重用的脚本,可以当作范本研究和学习。只要提供可用于生成 3D 图中节点和边的数据,就可以轻松实现这样的可视化。下面我们将简单介绍THREE.js的实现过程和主要功能。

可视化

THREE.BufferGeometry 是 THREE 的一个常用数据结构,用于高效地存取节点和边所对应的几何形状。

cociteNodes.csv 文件各列的数据在地图中分别确定位置,颜色和大小。最终构造出 THREE.Points。

cociteEdges.csv文件各列的数据在地图中分别确定位置和颜色。最终构建出THREE.LineSegments。

用户交互

作品以window.addEventListener(浏览器默认的内建事件处理函数)为基础实现交互功能。可以通过在前段代码中搜索这个关键词,查看其对应的功能。

点击屏幕定位到文章的功能是这样实现的:THREE.Raycaster 对象和它的intersectObjects方法被用于计算点击的位置。输入的是鼠标点击的位置,即屏幕上 2D 的座标(存储于 mouse 中);输出是在 3D 空间中,和点击位置交叉对象。关键代码如下:

缩放和旋转:作品将所有的节点和边所对应的视觉元素,包含进一个视觉组内(Visual Group),对这个组进行缩放和旋转,可以实现对所有元素的同步缩放和旋转。缩放和 3D 旋转的信号是由THREE.DeviceOrientationControls获得。THREE.js可以调动浏览器去监听设备方向的变动,并对视觉组进行变换。

animate()包含了主要的计算逻辑架构。它识别设备的方向调整之后,将该调整的反变换作用于视觉组。即,并不是根据设备视角移动相机,这个功能以相反方向移动视觉组,达到貌似相机移动的效果。animate()使用的requestAnimationFrame()是浏览器自带的功能,通过这功能,开发者可以在每次浏览器渲染之前做计算,生成最新一帧的关键信息。animate 和 requestAnimationFrame 的相互调用,形成一个无限的循环,这是制作基于 Web 浏览器动画的标准套路。

图嵌入

这是整个作品最复杂的部分。需要进行很严谨精确的计算,确保:

各个点之间的网络关系被维护 --- 相关性高的节点被放置在比较近的位置;同样,相关性不强的节点被放置在相距很远的位置上。

每个节点放置在合适的位置,而又不显得杂乱。

另外,还需要考虑视觉美感。

有关图嵌入,没有公开的资料介绍。为了得到了更多的相关信息,我们向作者团队发送邮件想了解此作品图嵌入背后的原理。根据 Mauro 的介绍,作品在经典 Force 直接布局的基础上使用了“弹性链接(Elastic Link)算法”,感兴趣的读者可以参考 Nima Dehmamy,Soodabeh Milanlouei 和 Albert-LászlóBarabási 的 2018 年发表在《自然》杂志上的论文 “A structural transition in physical networks”。

论文链接:https://www.nature.com/articles/s41586-018-0726-6?proof=trueIn

一个图嵌入的例子:��个人微信群组关系网络图 (ego-network)

Nature 的数据故事

文章“Nature’s reach: narrow work has broad impact”由 Alexander J. Gates, Qing Ke, Onur Varol 和 Albert-László Barabási 共同完成。作者以《自然》杂志 7 亿条论文引用关系的数据为基础进行分析,希望发现 Nature 背后的数据故事,最终他们得出的主要结论是 —— 学科交叉的现象在科学研究中越来越明显。

不同领域的文章,跨学科引用的情况不同。作者分析发现,生物医学很大部分的引用文章来自同领域的文章,但引用生物医学文章的论文中约有一半将分布在其他类别中。另一方面,工程技术的论文是最热门的“被引用”文章。虽然“工程和技术”论文在《自然》杂志中只占论文总数的很小部分,这类文章确常被引用。这可能是因为工程和技术在自然科学领域属于较基础的学科。相比“工程和技术”的论文 ,“地球和空间科学”领域的论文就属于另一个极端,这一领域的文章有 72% 都是被自己领域的其他论文引用,这大概是因为地球和空间科学领域属于比较专业的小分类,所以一般其他领域不会涉及。下图即为有关学科引用关系流向的桑基图。

另外,作者团队分析发现,《自然》杂志文章的引用条数和引文中学科的多样性正在增加,科学工作也越来越跨越固有的学科边界,学科之间的界限也越来越不明显。

从下面这张图可以看到,将《自然》杂志上的论文和《科学》、《物理评论》(Phys. Rev.)上的论文做比较,对比不同杂志收录论文的引用多样性。相比之下,通俗科学期刊文章引文的学科多样性一直高于其他地方发表的文章,这表明这些期刊的内容在科学界比从其获得的范围更广。这些期刊往往旨在扩大读者群并发表重大进展。但有时,激发论文的领域与产生影响的领域明显不同。例如,系统生物学家 Leroy Hood 和 David Galas 于 2003 年在自然杂志上发表的“ DNA数字编码”一书,其大部分灵感来自分子生物学,但最后却在计算机科学,临床医学和社会科学领域得到更多的引用。

文章链接:https://www.nature.com/articles/d41586-019-03308-7

CREDIT

编辑:@ 服老思

排版:@ 包小包

就是这个人还没点在看

原标题:《答读者|解析《自然》150 周年纪念刊封面网络可视化》

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